ভোট বর্জনের ঘটনাটি এই নির্বাচনের একটি উল্লেখযোগ্য দিক হিসেবে উঠে এসেছে। মোট ৩৪৯ ভোটারের অংশগ্রহণে অনুষ্ঠিত রাষ্ট্রপতি নির্বাচনে ছয়জন সংসদ সদস্য ভোটদানে বিরত ছিলেন। ব্রাহ্মণবাড়িয়া-২ আসনের স্বতন্ত্র সংসদ সদস্য রুমিন ফারহানা নির্বাচনকে অর্থহীন ও প্রহসনমূলক বলে অভিহিত করে ভোট প্রদান থেকে নিজেকে দূরে রাখেন। বিদেশে অবস্থানরত মির্জা আব্বাসসহ আরও পাঁচজন সংসদ সদস্যও ভোটকেন্দ্রে উপস্থিত হতে পারেননি বা ভোটদানে অংশগ্রহণ করেননি। ফলে, তাদের অনুপস্থিতি ও বর্জনের কারণে মোট ছয়টি ভোট গণনায় যুক্ত হয়নি।
অন্যদিকে, ইসলামী আন্দোলন বাংলাদেশের সংসদ সদস্য প্রথমে ভোট বর্জনের ঘোষণা দিলেও পরবর্তীতে তিনি ভোট প্রদান করেন। তার এই অবস্থান পরিবর্তনের ঘটনা নির্বাচনের রাজনৈতিক পরিসরে একটি লক্ষণীয় ঘটনা হিসেবে বিবেচিত হতে পারে। সামগ্রিক ভোট গণনায় বিএনপি মনোনীত প্রার্থী মির্জা ফখরুল ইসলাম আলমগীর ২৫৫ ভোট পেয়ে দেশের সর্বোচ্চ পদে নির্বাচিত হন। প্রতিদ্বন্দ্বী হিসেবে জামায়াতে ইসলামীর নেতৃত্বাধীন জোটের প্রার্থী অলি আহমদ পেয়েছেন ৮৮ ভোট। সংখ্যাগরিষ্ঠ ভোটে বিজয়ী হওয়া সত্ত্বেও কয়েকজন সদস্যের বিরত থাকার সিদ্ধান্ত নির্বাচনের সামগ্রিক চিত্রে একটি ভিন্ন মাত্রা যোগ করেছে।
